Σταδιακά και μέχρι την πλήρη εκχώρηση των κρατικών αρμοδιοτήτων - ή όσων εξ αυτών - στην περιφερειακή αυτοδιοίκηση, θα λειτουργούν και οι αποκεντρωμένες διοικήσεις. Επτά συνολικά, που συνιστώνται ως ενιαίες μονάδες διοίκησης.

Η Αττική θα είναι η πρώτη αποκεντρωμένη διοίκηση με έδρα την Αθήνα. Οι Περιφέρειες Θεσσαλίας και Στερεάς Ελλάδας συγκροτούν την επόμενη αποκεντρωμένη διοίκηση με έδρα τη Λάρισα, οι Περιφέρειες Ηπείρου και Δυτικής Μακεδονίας είναι η τρίτη κατά σειρά διοίκηση με έδρα τα Ιωάννινα, ενώ οι Περιφέρειες Πελοποννήσου, Δυτικής Ελλάδας και Ιονίου συνιστούν την τέταρτη αποκεντρωμένη διοίκηση με έδρα την Πάτρα.
Η Κρήτη μένει μόνη της, με έδρα της αποκεντρωμένης διοίκησης το Ηράκλειο, Κεντρική - Ανατολική Μακεδονία και Θράκη συνιστούν την έκτη διοίκηση με έδρα τη Θεσσαλονίκη και, τέλος, οι δύο Περιφέρειες Βορείου και Νοτίου Αιγαίου θα διοικούνται αποκεντρωμένα απ’ τον Πειραιά, όπου και θα εδρεύει η Αποκεντρωμένη Διοίκηση Αιγαίου.