Το πρόγραμμα δρομολογίων για τις άγονες γραμμές που συνδέουν τα νησιά του Βορείου Αιγαίου με τη Θεσσαλονίκη και την Καβάλα έχει αναρτηθεί στην ιστοσελίδα τής ΝΕΛ. Σύμφωνα με αυτό, το «Θεόφιλος» θα εκτελεί δρομολόγια στις παραπάνω γραμμές έως τις 31 Οκτωβρίου του τρέχοντος έτους.

Συγκεκριμένα, τα δρομολόγια του πλοίου από τη Δευτέρα 28 Απριλίου έως τις 23 Ιουνίου διαμορφώνονται ως εξής: Αναχώρηση κάθε Δευτέρα από Θεσσαλονίκη στις 5:00 το απόγευμα. Επίσης το πλοίο θα αναχωρεί από Καβάλα κάθε Τετάρτη στις 8:00 το βράδυ και Παρασκευή στις 12:00 τα μεσάνυχτα. Το ίδιο πρόγραμμα δρομολογίων θα εφαρμοστεί και την περίοδο από 1ης Σεπτεμβρίου έως 31 Οκτωβρίου.

Από 24 Ιουνίου έως 31 Αυγούστου το πλοίο θα αναχωρεί από Θεσσαλονίκη κάθε Δευτέρα στις 3:00 το απόγευμα κι από Καβάλα κάθε Τετάρτη στις 8:00 το βράδυ και κάθε Παρασκευή στις 12:00 τα μεσάνυχτα.

Στη γραμμή Πειραιάς - Σύρος - Εύδηλος - Άγιος Κήρυκος - Φούρνοι - Καρλόβασι - Βαθύ Σάμου, από τη Δευτέρα θα εκτελεί δρομολόγια το «Μυτιλήνη» σε αντικατάσταση του «European Express».

Η δρομολόγηση του «Μυτιλήνη» θα διαρκέσει από τις 5 Ιουνίου έως τις 31 Οκτωβρίου. Το πλοίο θα εκτελεί τρία δρομολόγια την εβδομάδα, με εξαίρεση την εβδομάδα του Αγίου Πνεύματος, που θα γίνει τροποποίηση.

Ο παραπάνω σχεδιασμός σημαίνει ότι σταματούν τα συνδυαστικά δρομολόγια που εφάρμοζε η ΝΕΛ το προηγούμενο διάστημα. Σύμφωνα με αυτά, το «Θεόφιλος» και το «Εuropean Express» εκτελούσαν δρομολόγια στη γραμμή Σάμου - Ικαρίας και στη συνέχεια τα δρομολόγια των άγονων γραμμών του Βορείου Αιγαίου προς Καβάλα και Θεσσαλονίκη, εναλλάξ.

Στη μόνη γραμμή του Βορείου Αιγαίου που η ΝΕΛ δεν έχει ανακοινώσει δρομολόγια, είναι το Λαύριο - Άγιος Ευστράτιος - Λήμνος - Καβάλα. Στο δρομολόγιο αυτό έχει προστεθεί και η προσέγγιση στα Ψαρά εδώ και μήνες, με τη σύμφωνη γνώμη του Υπουργείου Ναυτιλίας και Αιγαίου. Πιθανότατα η μη ανακοίνωση δρομολογίων στη συγκεκριμένη γραμμή να οφείλεται στη μη έγκριση των δρομολογίων από το Υπουργείο. Το δρομολόγιο αυτό εξυπηρετείται μέχρι τώρα από το «Ταξιάρχης».

Κανονικά θα έπρεπε η ΝΕΛ να εκτελεί ξεχωριστό δρομολόγιο από Λαύριο προς Ψαρά και Μεστά Χίου. Τυπικά η ΝΕΛ επικαλείται πως υπάρχουν βλάβη στο πλοίο που εξυπηρετεί το συγκεκριμένο δρομολόγιο, ωστόσο η ουσία του προβλήματος βρίσκεται στο ότι είναι ζημιογόνο. Δηλαδή η επιδότηση που δίνεται στην εταιρεία, δεν αρκεί για να καλύψει το κόστος του πλοίου, κι έτσι έχει γίνει σύμπτυξη των δύο δρομολογίων. Η σύμπτυξη αυτή έχει ως αποτέλεσμα να αυξηθεί κατά πολύ ο χρόνος του ταξιδιού από το Λαύριο προς τον Άι-Στράτη και τη Λήμνο.

Οι καθυστερήσεις στην έγκριση των δρομολογίων τής ΝΕΛ είναι συνηθισμένο φαινόμενο, από τις αρχές του χρόνου. Είναι κι αυτό ένα μέτρο που χρησιμοποιεί το Υπουργείο για να την πιέσει.