Τέταρτο μεταξύ των 24 ελληνικών ΑΕΙ και έκτο μεταξύ των 40 συνολικά ερευνητικών ιδρυμάτων της χώρας, κατατάσσει το Πανεπιστήμιο Αιγαίου σε ό,τι αφορά στην ερευνητική δραστηριότητα για το 2010 το European Research Ranking (Ευρωπαϊκή Κατάταξη Έρευνας), αναδεικνύοντας την εξαιρετική πρόοδο του «νεαρού» περιφερειακού πανεπιστημίου του αρχιπελάγους στον τομέα της έρευνας.

Η κατάταξη αυτή βασίζεται στα διαθέσιμα στοιχεία από τη βάση δεδομένων CORDIS της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, σχετικά με τα ερευνητικά έργα που έχει χρηματοδοτήσει κατά τη διάρκεια των τελευταίων ετών (http://cordis.europa.eu/.) Ειδικότερα, όπως ανακοινώθηκε απ’ την πρυτανεία του Πανεπιστημίου Αιγαίου, με κριτήρια όπως η συνολική χρηματοδότηση των ερευνητικών έργων, το σύνολο χρηματοδότησης ανά εταίρο, ο συνολικός αριθμός των ερευνητικών έργων, η δικτύωση, η σταθερότητα του φορέα, ο συντονισμός ερευνητικών προγραμμάτων και ο δείκτης ποικιλότητας ερευνητικών θεμάτων, το Πανεπιστήμιο Αιγαίου βρίσκεται στην 4η θέση μεταξύ των πανεπιστημίων της χώρας και αντίστοιχα στην 6η θέση ως προς το σύνολο των 11 ελληνικών ερευνητικών κέντρων και των 24 ΑΕΙ της χώρας για το 2010.
Τα παραπάνω στοιχεία, σύμφωνα με την πρυτανική αρχή, αναδεικνύουν τον ιδιαίτερα σημαντικό ρόλο που διαδραματίζει το Πανεπιστήμιο Αιγαίου μέσω των εξαιρετικά ανταγωνιστικών ερευνητικών προγραμμάτων που χρηματοδοτεί η Ευρωπαϊκή Κοινότητα, σε γνωστικά αντικείμενα όπως: Προστασία του Περιβάλλοντος, Κοινωνικές Επιστήμες, Οικονομικές Επιστήμες, Θαλάσσιοι Πόροι, Αλιεία, Μετεωρολογία, Πληροφορική, Μεταφορές, Εκπαίδευση, Ανανεώσιμες Πηγές Ενέργειας, Φυσικές Καταστροφές κ.ά..
Σημειώνουμε ότι στην ενιαία πανευρωπαϊκή κατάταξη, μεταξύ των 100 πρώτων ιδρυμάτων στην έρευνα στην Ευρώπη ξεχωρίζει απ’ την Ελλάδα το Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο, που βρίσκεται στη 17η θέση. Στην ίδια κατάταξη, το ίδρυμα της 100ής θέσης σημειωτέον ότι συγκεντρώνει μόλις τέσσερις βαθμούς περισσότερους απ’ το Πανεπιστήμιο Αιγαίου, που παρά την πολυδιάσπασή του σε διαφορετικά νησιά, πέτυχε να ξεχωρίζει μεταξύ των ελληνικών - ίσως σύντομα και μεταξύ των ευρωπαϊκών - για την ερευνητική του δραστηριότητα.
Η βαθμολογία των ελληνικών ιδρυμάτων κυμαίνεται από 0,5 έως 44,8 βαθμούς, που έχει το Μετσόβιο, κατατασσόμενο πρώτο μεταξύ των ελληνικών, 31,8 βαθμούς που έχει το Πανεπιστήμιο Αθηνών, δεύτερο μεταξύ των πανεπιστημίων, ενώ το Πανεπιστήμιο Αιγαίου συγκεντρώνει, τέταρτο στη σειρά, 26,3 βαθμούς.