Συνολικά οκτώ καθηγητές-εσωτερικά μέλη, έξι εξωτερικά μέλη και ένας εκπρόσωπος των φοιτητών του ιδρύματος θα αποτελέσουν τη σύνθεση του Συμβουλίου Διοίκησης του Πανεπιστημίου Αιγαίου που θα αναδειχθεί την Τετάρτη 24 Οκτωβρίου. Με ανακοίνωσή του το τελευταίο καλεί τους ενδιαφερομένους να υποβάλουν τις υποψηφιότητές τους, καθορίζοντας παράλληλα τη διαδικασία των εκλογών.

Η ψηφοφορία των εκλογών θα πραγματοποιηθεί από τις 9 το πρωί έως και τις 6 το απόγευμα της 24ης Οκτωβρίου, ενώ εκλογικά τμήματα θα λειτουργήσουν στη Μυτιλήνη, τη Χίο, τη Σάμο, τη Ρόδο και τη Σύρο, από ένα σε κάθε νησί. Ειδικά οι εκλογείς του Τμήματος Επιστήμης Τροφίμων και Διατροφής της Λήμνου κατανέμονται στο εκλογικό τμήμα της Μυτιλήνης, ενώ το ίδιο ισχύει και για τα μέλη του Πρυτανικού Συμβουλίου, που αποτελούν την Κεντρική Εφορευτική Επιτροπή. Όσον αφορά στο εκλογικό τμήμα της Μυτιλήνης, η διαδικασία της ψηφοφορίας θα διεξαχθεί στην αίθουσα της Συγκλήτου, στο κτήριο της Διοίκησης.

Εσωτερικά μέλη
Υποψήφιοι για τη θέση εσωτερικού μέλους του Συμβουλίου, που θα έχει τετραετή θητεία, μπορούν να είναι όλοι οι πλήρους απασχόλησης καθηγητές πρώτης βαθμίδας και αναπληρωτές καθηγητές του ιδρύματος, ενώ δεν επιτρέπεται να είναι υποψήφιοι καθηγητές που αποχωρούν από την υπηρεσία πριν τη λήξη της τετραετούς θητείας ή που βρίσκονται σε αναστολή ή απαγόρευση άσκησης των καθηκόντων τους.

Η υποβολή των υποψηφιοτήτων θα πρέπει να γίνει μέχρι και τις 11 το πρωί της Δευτέρας 15 Οκτωβρίου.

Σημειώνεται ότι σε περίπτωση που η εκλογική διαδικασία της 24ης Οκτωβρίου αποβεί άγονη, η διαδικασία θα επαναληφθεί στις 29 του μήνα.

Εξωτερικά μέλη - εκπρόσωπος φοιτητών
Ο πρόεδρος και τα λοιπά εξωτερικά μέλη του Συμβουλίου εκλέγονται χωριστά από τα εσωτερικά.

Οι ενδιαφερόμενοι για εξωτερικά μέλη του Συμβουλίου Διοίκησης του Πανεπιστημίου Αιγαίου καλούνται να καταθέσουν τις υποψηφιότητές τους έως και την Τετάρτη 24 Οκτωβρίου στις 2 το μεσημέρι. Θα πρέπει να διαθέτουν αυξημένα τυπικά προσόντα και τουλάχιστον πτυχίο ΑΕΙ, ενώ δεν μπορούν να υποβάλουν υποψηφιότητα όσα μέλη είχαν οποιαδήποτε οικονομική συναλλαγή με σκοπό το κέρδος με το ίδρυμα, μέσα στην τελευταία πενταετία.

Τέλος, το Πανεπιστήμιο καλεί και τους φοιτητές του να εκλέξουν τον εκπρόσωπό τους στο Συμβούλιο Διοίκησης, μέσα από διαδικασία που θα υλοποιήσουν οι φοιτητικοί σύλλογοι. Ο εκπρόσωπος των φοιτητών θα εκλεγεί από το σύνολο των ενεργών φοιτητών (προπτυχιακών, μεταπτυχιακών και υποψήφιων διδακτόρων), ενώ υποψήφιοι μπορούν να είναι οι προπτυχιακοί φοιτητές που έχουν ολοκληρώσει το πρώτο έτος φοίτησης και βρίσκονται εντός του ενδεικτικού προγράμματος σπουδών, οι μεταπτυχιακοί φοιτητές που βρίσκονται στο πρώτο έτος φοίτησης και οι υποψήφιοι διδάκτορες που διανύουν τα τρία πρώτα έτη από την εγγραφή τους.

Η θητεία του εκπροσώπου των φοιτητών είναι ετήσια, χωρίς δυνατότητα επανεκλογής και για το πρώτο Συμβούλιο Διοίκησης λήγει στις 31 Αυγούστου 2013.