Η Βιολογική Κτηνοτροφία είναι ένα πρόγραμμα που είχε πολύ μικρή ανάπτυξη στα νησιά του Νομού μας τα προηγούμενα χρόνια. Αρχικά είχε φέρει πολύ θετικά αποτελέσματα, καθώς το βιολογικά αιγοπρόβειο γάλα που παραγόταν στη Λέσβο έφθασε να πωλείται έως και 1,15 ευρώ το κιλό. Δηλαδή έδινε καλό εισόδημα στους παραγωγούς και παράλληλα μια σημαντική επιδότηση. Όμως τα τελευταία δύο χρόνια κτηνοτρόφοι απογοητευμένοι διαπιστώνουν ότι το γάλα τους πωλείται ως συμβατικό και οι καθυστερήσεις στην καταβολή της επιδότησης τους έχει «στεγνώσει» οικονομικά. Έτσι, στη νέα προκήρυξη του προγράμματος δεν αναμένεται να υπάρξει μεγάλο ενδιαφέρον.

Τα γενικά κριτήρια επιλογής που ισχύουν για τη Βιολογική Γεωργία ισχύουν και για τη Βιολογική Κτηνοτροφία. Πέραν αυτών υπάρχουν και ειδικά κριτήρια επιλογής. Κρίσιμο ρόλο για να ενταχθεί ένας κτηνοτρόφος στο πρόγραμμα, είναι να έχει πετύχει ως ένα βαθμό καθετοποίηση της παραγωγής.
Αναλυτικά τα κριτήρια επιλογής δίνουν:
- τέσσερις βαθμούς ανά εκτάριο (10 στρέμματα) καλλιεργούμενης έκτασης για παραγωγή ζωοτροφών, στους κτηνοτρόφους που παράγουν μόνοι τους βιολογικές ζωοτροφές
- 10 βαθμούς στους κτηνοτρόφους που αποδεικνύουν τη νόμιμη κατοχή του βοσκότοπου για όλη τη διάρκεια ένταξής τους στο πρόγραμμα (πέντε χρόνια)
- πέντε βαθμούς στους κτηνοτρόφους που είναι ενταγμένοι στη δράση «Διατήρηση απειλούμενων αυτοχθόνων φυλών αγροτικών ζώων»
- 10 βαθμούς όταν το ζωικό κεφάλαιο (το κοπάδι των ζώων) είναι μεγαλύτερο από 100 μονάδες μεγάλου ζώου
- πέντε βαθμούς όταν το ζωικό κεφάλαιο είναι μεγαλύτερο από 50 ζωικές μονάδες και μικρότερο ή ίσο με 100 μονάδες μεγάλου ζώου
- 10 βαθμούς όταν ο κτηνοτρόφος παράγει προϊόντα ΠΟΠ ή ΠΓΕ
- 10 βαθμούς όταν ο κτηνοτρόφος βρίσκεται σε νησί με πληθυσμό μικρότερο των 3.100 κατοίκων
Μία μονάδα μεγάλου ζώου αντιστοιχεί σε επτά πρόβατα ή κατσίκες, ένα βοοειδές ηλικίας άνω των δύο ετών, μία χοιρομητέρα με βάρος μεγαλύτερο από 50 κιλά, τέσσερις χοίρους άλλων κατηγοριών. Ένα βοοειδές ηλικίας έξι μηνών έως δύο ετών αντιστοιχεί σε 0,6 μονάδες μεγάλων ζώων. Ένα βοοειδές ηλικίας κάτω των έξι μηνών αντιστοιχεί σε 0,4 μονάδες μεγάλων ζώων.