Πολλές αντιδράσεις προκαλεί η απόφαση της κυβέρνησης να μειωθεί η εφάπαξ επιδότηση για τους νέους αγρότες στα 17.500 ευρώ ανά παραγωγό κατά μέσο όρο. Το ανώτατο όριο επιχορήγησης μπορεί να φθάσει μέχρι τα 20.000 ευρώ. Σύμφωνα με μελετητές γεωπόνους της Λέσβου, πολλοί αγρότες ετοιμάζονται να κινηθούν δικαστικά για να ανατρέψουν την απόφαση. Κι αυτό γιατί, σύμφωνα με την αρχική προκήρυξη του προγράμματος, οι επιδοτήσεις μπορούσαν να ανέλθουν στα 40.000 ευρώ.

Πολλοί υποψήφιοι, προκειμένου να συγκεντρώσουν τα απαραίτητα μόρια και να πάρουν το μάξιμουμ της επιδότησης, για να ενταχθούν στο πρόγραμμα είχαν πραγματοποιήσει μεγάλες δαπάνες κι έτσι, με τη μείωση του ανώτατου ύψους της επιδότησης, οι παραγωγοί αυτοί χάνουν μεγάλα ποσά. Την ίδια στιγμή εντάσσονται στο πρόγραμμα άλλοι παραγωγοί, οι οποίοι δε συμπλήρωναν τα απαραίτητα μόρια για την ένταξή τους.
Η αλήθεια είναι ότι η προκήρυξη του προγράμματος Νέοι Αγρότες είχε πολλά προβλήματα από την αρχή, καθώς αν και ήταν μια ανοιχτή προκήρυξη, διαχωρίστηκε σε κύκλους. Συνέπεια αυτού ήταν οι υποψήφιοι που συγκέντρωναν υψηλό αριθμό μορίων στη μία περίπτωση να μπαίνουν στο πρόγραμμα και στην άλλη να μην μπαίνουν. Επίσης παρατηρήθηκε το φαινόμενο κάποιοι παραγωγοί με υψηλό αριθμό μορίων να μένουν εκτός προγράμματος, ενώ την ίδια στιγμή άλλοι παραγωγοί με λίγα σχετικά μόρια να εντάσσονται στο πρόγραμμα.

Διορθωτικές προσπάθειες
Αυτή την προβληματική κατάσταση προσπάθησε να διορθώσει η υπουργός Αγροτικής Ανάπτυξης, Κατερίνα Μπατζελή, η οποία αποφάσισε να ενταχθούν όλοι οι υποψήφιοι του προγράμματος (8.500 παραγωγοί σε όλοι τη χώρα). Ωστόσο, και αυτή η απόφαση δημιουργεί αδικίες και προβλήματα.
Το θέμα αυτό συζητήθηκε την Παρασκευή στη Βουλή μετά από επερώτηση βουλευτών της Ν.Δ., οι οποίοι υποστήριξαν ότι η ως κυβέρνηση είχαν ανεβάσει τον προϋπολογισμό του προγράμματος από τα 100 εκατομμύρια στα 275 εκατ. ευρώ, κι η κυβέρνηση του ΠΑΣΟΚ μείωσε τις διαθέσιμες πιστώσεις στα 160 εκατ. ευρώ.
Απαντώντας, ο υφυπουργός Αγροτικής Ανάπτυξης, Μιχάλης Καχριμάκης, κατηγόρησε τη Ν.Δ. για εμπαιγμό, για εξαπάτηση των νέων αγροτών, προσθέτοντας: «Πολλά λόγια, υψηλοί τόνοι, ωραία λόγια, ωραίος λόγος, η ουσία όμως βρίσκεται στο ότι όσον αφορά το Πρόγραμμα των Νέων Αγροτών, η Νέα Δημοκρατία αποφάσισε - χωρίς να γίνουν οι απαραίτητες ενέργειες, χωρίς να εξασφαλιστούν οι αναγκαίες πιστώσεις - την αύξηση του προϋπολογισμού της δημόσιας δαπάνης στην πρώτη προκήρυξη του μέτρου, καθώς και τις ανάλογες καταβολές των πιστώσεων συνολικά 275 εκατ. ευρώ, δηλαδή, 175 εκατομμύρια πάνω από ό,τι είχε προβλεφθεί. Αυτή είναι η αλήθεια. Τα λεφτά δεν υπήρχαν, υπήρχαν λόγια.»
Η ένταξη στο πρόγραμμα των Νέων Αγροτών 8.500 παραγωγών δημιουργεί νέα προβλήματα. Οι παραγωγοί που εντάσσονται για να υλοποιήσουν τα σχέδια δράσης που έχουν υποβάλει, πρέπει να ενταχθούν στο πρόγραμμα Σχέδια Βελτίωσης. Όμως οι διαθέσιμοι πόροι για το πρόγραμμα αυτό είναι εξαιρετικά περιορισμένοι, με αποτέλεσμα να μην μπορούν να χρηματοδοτηθούν όλοι οι νέοι αγρότες. Έτσι, τα δύο σημαντικότερα προγράμματα του υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης οδηγούνται σε αδιέξοδο.