Τον Νοέμβριο 2009 ασκήθηκε ποινική δίωξη, με απευθείας κλήση στο ακροατήριο, κατά της τότε πρυτανικής αρχής του Εθνικού Μετσοβίου Πολυτεχνείου (Κ. Μουτζούρης, πρύτανης και Ι. Πολύζος, Γ. Σπαθής, αντιπρυτάνεις) με κλητήριο θέσπισμα του εισαγγελέα Πλημμελειοδικών, Αθηνών για «παράβαση καθήκοντος από κοινού». Η παράβαση συνίστατο στη φιλοξενία σε server του ΕΜΠ της ιστοσελίδας της διαδικτυακής διευθύνσεως INDYMEDIA ATHENS. Οι διωκόμενοι άσκησαν προσφυγή κατά του θεσπίσματος, επικαλούμενοι τους λόγους για τους οποίους - κατ’ αυτούς - δεν υπήρχε αδίκημα. Ο εισαγγελέας Εφετών Αθηνών μελέτησε την προσφυγή και τον Απρίλιο 2010 εξέδωσε διάταξη, με την οποία δεχόταν τυπικά και στην ουσία της την προσφυγή των διωκομένων, επειδή δεν υφίσταντο ενδείξεις παραβάσεως καθήκοντος και επειδή ο απαιτούμενος για μια τέτοια κατηγορία δόλος «… δε βρίσκει έρεισμα σε κανένα στοιχείο της δικογραφίας…».
Το Συμβούλιο Πλημμελειοδικών Αθηνών εξέτασε τη διάταξη και, παρά την απαλλακτική εισήγηση του εισαγγελέα Εφετών, αποφάσισε τον Σεπτέμβριο 2010 να παραπεμφθούν τα τρία μέλη της πρυτανείας σε δίκη για «παράβαση καθήκοντος από κοινού» με την προσθήκη ότι σκοπός τους ήταν «… ο προσπορισμός παράνομου ηθικού οφέλους στους εαυτούς τους (το οποίο συνίστατο στο) να μην έλθουν σε σύγκρουση με τα μέλη της πανεπιστημιακής κοινότητας που υποστηρίζουν τη λειτουργία της ιστοσελίδας καθότι και από τα μέλη αυτά εξαρτάται η εκλογή τους…».

Η άσκηση της διώξεως δεν συνάντησε καμμία αποδοχή από την κοινωνία, την κυβέρνηση και τα Μ.Μ.Ε.. Πλήθος φορέων, οργανώσεων, πανεπιστημιακών και κοινωνικών ομάδων εξέδωσαν τότε ψηφίσματα, με τα οποία τάχθηκαν αλληλέγγυοι προς την πρυτανεία. Η συντριπτική πλειοψηφία του Τύπου δημοσίευσε άρθρα ή σχόλια για το άστοχο της διώξεως. Η υπουργός Παιδείας, Άννα Διαμαντοπούλου, στήριξε την πρυτανεία καλύπτοντας τους χειρισμούς της, όπως και ο υπουργός Μιχάλης Χρυσοχοΐδης τον πρύτανη Μουτζούρη. Το Δημοτικό Συμβούλιο Μυτιλήνης εξέδωσε ομόφωνο ψήφισμα αποδοκιμασίας της διώξεως και στηρίξεως του πρύτανη. Λέσβιοι αυτοδιοικητικοί στήριξαν την πρυτανεία.
Η δίκη έλαβε χώρα την Πέμπτη 19 Απριλίου 2011 ενώπιον Τριμελούς Πλημμελειοδικείου των Αθηνών. Δεν διαπιστώθηκε η διάπραξη αδικήματος και πολύ περισσότερο η παράβαση καθήκοντος. Όσον αφορά την κατηγορία για ύπαρξη δόλου εκ μέρους του πρύτανη για προσπορισμό ηθικού οφέλους επανεκλογής του στην πρυτανεία, όπως επανέλαβε στο Δικαστήριο και ο πρόεδρος της Δημοκρατικής Αριστεράς, Φώτης Κουβέλης, ο ισχύων νόμος δεν επέτρεπε ούτε επιτρέπει την επανεκλογή για δεύτερη συνεχόμενη πρυτανική θητεία. Τόσο τεκμηριωμένο ήταν το κατηγορητήριο! Χαρακτηριστική βολή έδωσε η εισαγγελέας της έδρας, η οποία σε μία αποστροφή της κατά την τελική αγόρευση διερωτήθηκε: «… Απορώ γιατί είναι κατηγορούμενοι…» (!). Ομοφώνως απηλλάγησαν όλοι και ουδείς παράγων της δίκης κατανόησε τους λόγους της διώξεως.
Εν κατακλείδι: Βεβαίως και όλοι οι Έλληνες πολίτες είναι ίσοι ενώπιον της Δικαιοσύνης. Βεβαίως και όλοι οφείλουν να σέβονται την Δικαιοσύνη, πυλώνα της Δημοκρατίας. Όμως, ακόμη και οι πρυτάνεις, όσο ανεπιθύμητοι κι αν είναι σε κάποιους κύκλους, δικαιούνται - ως Έλληνες πολίτες - να έχουν μια τεκμηριωμένη δίωξη.

* Ο καθηγητής Κώστας Ι. Μουτζούρης είναι πρώην πρύτανης ΕΜΠ.